A mon avis, Aonuma dit quelque chose de très vrai, c'est que une fois dans nos souvenirs, on a tendance à amplifier (ou parfois au contraire à réduire) énormément une chose qui nous a marqué.
C'est une question vague, et à mon avis la seule réponse qu'on puisse lui donner est que effectivement, on ne peut pas répondre d'un coup à une question aussi vague.
Perso, dans les Zelda 3D, à mon sens, M'sM a fait mieux que OoT en lui apportant un scénario, et Wind Waker... Dur de dire s'il était "mieux" (avec tout ce que ces guillemets veulent dire), mais je suis convaincu qu'il a fait quelque chose de déjà très bien.
Bref, on ne peut affirmer, je pense, si OoT n'est effectivement "pas si bon que ça" sans demander, pour commencer et par exemple, ce que les générations qui ont commencé les jeux vidéos et surtout les Zeldas après en ont pensé.